Jak obliczyć obniżenie kwoty ustalonego ryczałtu, jeżeli pracownik np. chorował lub przebywał na urlopie? Kwotę ustalonego ryczałtu zmniejsza się o jedną dwudziestą drugą za każdy roboczy dzień nieobecności pracownika w miejscu pracy z powodu choroby, urlopu, podróży służbowej trwającej co najmniej 8 godzin lub innej nieobecności oraz za każdy dzień roboczy, w którym pracownik nie dysponował pojazdem do celów służbowych. Skoro już ustaliliśmy, że pracownik będzie używał swojego prywatnego samochodu do celów służbowych i zawarł z pracodawcą stosowną umowę, w której strony ustaliły, w jaki sposób będą się rozliczały - to czy pracodawca kwotę, którą co miesiąc będzie zwracał pracownikowi za używanie samochodu prywatnego, powinien pomniejszyć o podatek dochodowy, czy też nie? Zgodnie z art. 12. ust 1. ustawy o PIT za przychody wynikające ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia wypłacone za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych. Wypłata pieniężna to nic innego jak wydanie komuś należnych mu pieniędzy (będziemy przez to rozumieli zarówno wypłatę w gotówce, jak i przelew na konto bankowe). Wynikałoby z tego, że skoro zwrot koszów używania prywatnego samochodu do celów służbowych to przychód pracownika, to powinien zostać on doliczony pracownikowi do przychodu. Taką argumentację przedstawił ostatnio również Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie, który w wyroku z dnia 3 listopada 2011 r. uznał, że „w myśl art. 12. ust. 1. Ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych za przychód ze stosunku pracy uważa się m.in. wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne, a taki charakter mają właśnie wypłaty z tytułu zwrotu poniesionych przez pracownika kosztów używania własnego pojazdu dla potrzeb zakładu pracy".

Reasumując - od wypłaconego pracownikowi zwrotu kosztów używania przez niego samochodu prywatnego do celów służbowych (co stanowi dodatkowy przychód pracownika) pracodawca potrąca zaliczkę na podatek dochodowy od osób fizycznych.